Öz
Amaç
Prostat kanseri (PK) dünya çapında erkekler arasında en yaygın kanserdir ve kansere bağlı ölümlerin önemli bir nedenidir. Taksan bazlı bir kemoterapötik ajan olan docetaxel (DX), PK tedavisinde önemli etkinlik gösteren ilk tedavi olmuştur. Bu çalışma, biyoinformatik analiz kullanarak PK’de DX’ten etkilenen mitokondriyal genleri göstermeyi amaçlamaktadır.
Gereç ve Yöntem
Biyoinformatik analiz için, GSE36135 çalışmasına karşılık gelen DX’e duyarlı PK hücre hatlarından (DU145) ve DX’e dirençli hücre hatlarından (DU145-DR) mRNA mikroarray verileri Gene Expression Omnibus-GEO veri tabanından alınmıştır. Diferansiyel olarak ifade edilen genler (DEG’ler) Transkriptom Analiz Konsolu 4.0 (TAC) kullanılarak analiz edilmiş ve tanımlanmıştır. Dosetaksel tedavisi ile ilişkili önemli genleri ve biyolojik yolları belirlemek için Gen Ontolojisi ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi yol analizleri yapılmıştır. Ayrıca, bu yolaklardaki kritik proteinleri ve etkileşimleri belirlemek için protein-protein etkileşimi ağ analizi yapılmıştır.
Bulgular
TAC, DEG’leri tanımlamak için düzeltilmiş p-değeri <0,05 (p<0,05) (<em>yanlış bulgu oranı</em>-FDR <0,05) ve |log2FC| >1,0 kriterlerini uygulamıştır. Analiz, DX ile tedavi edilen hücrelerde kontrollere kıyasla 515 genin yukarı regülasyonunu ve 608 genin aşağı regülasyonunu ortaya koymuştur. DEG’lerin zenginleştirme analizi, metabolik yollar, çoklu hastalıkları içeren nörodejenerasyon yolları, kofaktörlerin biyosentezi, reaktif oksijen türlerinin aracılık ettiği kimyasal karsinogenez, valin, lösin ve izolösin bozunması, karbon metabolizması ve oksidatif fosforilasyon gibi yolaklara dahil olduklarını göstermiştir. Bunlar arasında <em>ALDH4A1, ALDH6A1, ALDH2, PCCB, GLS, GATM, GLS2, IDH2, SUCLG2, ECI2, GLDC, IVD, ALDH7A1, ACACA, ALDH5A1, NDUFS7, PCK2, ARG2, FDXR </em>ve <em>CPT1A</em> en önemli aday genler olarak belirlenmiştir.
Sonuç
Bu kapsamlı biyoinformatik analiz, DX’in etkisinin altında yatan moleküler mekanizmalara ışık tutmakta ve kombinasyon tedavileri için potansiyel hedefleri vurgulayarak PK’de tedavi etkinliğini artırmak için umut verici stratejiler sunmaktadır.
